La meilleure spiruline est théoriquement la spiruline sauvage qui se développe, à l'état naturel, dans des lacs de régions où la température se stabilise entre 25 et 40 degrés, aux eaux contenant du natron (pH entre 9 et 11), des sels minéraux et la présence d'une source d'azote fixée.
MAIS, l'exploitation des lacs comporte néanmoins de nombreux inconvénients : ils se situent rarement dans des zones exploitables spontanément, ils sont constitués d'autres algues, voire de cyanobactéries analogues qui peuvent être potentiellement toxiques, sans parler de la perturbation de l'écosystème qu'engendrent les récoltes intensives.
L'intérêt de la spiruline dans de multiples indications nutritionnelles oblige à mettre en place des systèmes de production permettant de répondre favorablement à la forte demande mondiale.
Il faut donc se résoudre à construire des bassins plus ou moins durables selon que la culture s'effectue en milieu familial, en ferme artisanale ou à grande échelle. Pour le consommateur final, la meilleure spiruline disponible sur le marché n'est donc pas celle issue des eaux naturelles.
Globalement, il existe une espèce commune et trois sous-espèces principales qui sont décrites comme suit :
Une spiruline cultivée en ferme d'aquaculture, pour peu qu'elle souhaite faire partie de l'élite, devra, avant toute chose, être issue de la souche adaptée à son lieu de culture et au climat local. Actuellement, la recherche d'une souche docile s'adaptant facilement à tous les climats conduit souvent les producteurs à choisir la souche Paracas (Arthrospira platensis, découverte au Pérou), qui est très résistante.
Par ailleurs, le mode de production industriel s'oppose à la culture artisanale (technique de séchage différente notamment) : cela laisse penser que, dans tous les cas de figure, la spiruline artisanale serait la meilleure. Ce n'est pourtant pas si simple.
Attention, il suffit que le produit soit dénaturé, oxydé, mal conservé ou additionné d'intrants indésirables pour que sa qualité ne permette plus une absorption satisfaisante par l'organisme, voire pour qu'il provoque des effets indésirables et ce, qu'il soit issu d'une production industrielle ou artisanale.
Si la spiruline fraîche, consommée directement après la récolte, est un meilleur produit d'un point de vue nutritionnel (au niveau du goût également), la distribution, le conditionnement et la commercialisation nécessitent des étapes supplémentaires (séchage, etc.). Peu de producteurs s'aventurent dans la commercialisation de spiruline fraîche, denrée rapidement périssable, dont la consommation sous cette forme reste le privilège quasi exclusif des producteurs eux-mêmes.

Si l'on considère que la meilleure spiruline est celle qui contient, sous son format commercialisé, la teneur la plus élevée en principes actifs mesurables, plusieurs critères vérifiables par analyse chimique doivent être pris en compte :
Certains fabricants communiquent sur un protocole de comparaison analytique, le HCPA (Haute Concentration en Principes Actifs), qui compare les teneurs effectives d'un produit aux valeurs moyennes relevées sur le marché. Il s'agit d'un label commercial privé fondé sur des analyses chimiques réelles et vérifiables et non d'une certification réglementaire officielle.
Il existe, dans certains cercles naturopathiques, des méthodes dites "qualitatives" comme la bioélectronique de Vincent [1] ou la cristallisation sensible [2], parfois présentées comme des outils permettant de révéler la "vitalité" d'un produit alimentaire.
La cristallisation sensible, en particulier, consiste à observer les motifs formés par une solution de chlorure de cuivre en présence d'un échantillon du produit étudié, puis à interpréter visuellement ces motifs. Il est important d'être transparent sur l'origine et le statut de cette méthode : mise au point dans les années 1920 par Ehrenfried Pfeiffer, sur les indications de Rudolf Steiner, fondateur du mouvement anthroposophique, elle est aujourd'hui considérée par la communauté scientifique comme une méthode pseudo-scientifique, faute de fondement physico-chimique validé et de reproductibilité satisfaisante d'un laboratoire à l'autre. Fait notable, même Demeter, l'organisme international de certification de l'agriculture biodynamique dont est pourtant issue cette méthode, ne la reconnaît pas officiellement comme un moyen de preuve.
Le regard d'Alain Casal. La cristallisation sensible et la bioélectronique de Vincent sont des méthodes issues de courants de pensée alternatifs, dont l'interprétation repose largement sur le ressenti de l'observateur plutôt que sur une mesure objective et reproductible. Cela ne veut pas dire que la question qu'elles posent, "cette spiruline a-t-elle été bien cultivée et bien séchée ?", n'est pas légitime, elle l'est. Mais la réponse à cette question doit venir d'analyses chimiques vérifiables, taux de phycocyanine, absence de contaminants, traçabilité et non d'une image de cristaux dont l'interprétation reste subjective.
Au-delà de ces critères techniques, souvent difficiles à obtenir directement auprès des producteurs, nous avons rédigé une page pour vous aider à répondre à une question essentielle : quelle spiruline acheter ? Vous y trouverez les variables indispensables pour identifier non pas "la meilleure spiruline" au sens absolu, mais une spiruline de qualité : un produit sain, cultivé dans de bonnes conditions, fabriqué avec soin, analysé de façon vérifiable et qui offre une réelle efficacité nutritionnelle.